Une première description du microbiome des Inuits

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Catherine Girard sur l’île Cornwallis, au Nunavut. (Geneviève Dubois)
En débarquant au Nunavut, il y a quelques années, Catherine Girard a appris quelques mots d’inuktitut pour entrer en contact plus facilement avec les résidents. L’un des premiers mots qu’elle a intégrés à son vocabulaire : anak.

Anak veut dire caca. Un mot très utile dans son domaine d’étude et de recherche.

Catherine Girard, 28 ans, est étudiante au doctorat en biologie environnementale à l’Université de Montréal. Depuis quelques années, elle fréquente les gens du Nord, plus particulièrement les quelque 200 habitants de Resolute, un hameau situé à l’extrême nord de la baie Resolute.

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Vue de la communauté de Resolute, au Nunavut. (Catherine Girard)

À son arrivée sur le territoire, en 2010, elle s’intéresse d’abord à la présence du mercure en milieu aquatique, dans le cadre de ses travaux de recherche en écologie et en environnement au baccalauréat. Et puis, à force de fréquenter les locaux, elle choisit d’orienter ses recherches vers un sujet qui a plus d’impact sur leur vie.

« Je me suis penchée sur le microbiome intestinal », me dit Catherine Girard, ajoutant avoir proposé aux gens de la communauté de regarder de plus près leurs fameuses cellules bactériennes. « Et ils ont accepté! » s’exclame-t-elle. Mais c’était sans savoir qu’ils auraient à collaborer de leur personne.

De chercheuse à « dame caca »

Avec l’aide de l’association locale des chasseurs trappeurs et du conseil du hameau, Catherine Girard a convaincu quelques résidents de fournir un échantillon de selles pour analyse, un travail qui n’avait jamais été accompli chez eux contrairement à ailleurs dans le monde.

En effet, des efforts de recherche ont été faits pour caractériser le microbiome de différentes populations. La communauté scientifique s’est particulièrement intéressée aux peuples dits traditionnels.

Des études ont été conduites en Afrique, particulièrement en Tanzanie et au Burkina Faso, mais également au Venezuela, en Amérique du Sud.

Et ce qu’on a remarqué, dit Catherine Girard, c’est que la diète quotidienne, qu’elle soit traditionnelle ou occidentale, contribue grandement à la composition du microbiome.

Les résultats des études faites auprès des populations traditionnelles ont justement montré à quel point leur microbiome était différent de celui des Occidentaux, car leur alimentation est composée de beaucoup de légumes et de peu de viande.

L’étudiante au doctorat s’attendait donc, en étudiant les bactéries vivant dans le tube digestif des Inuits, à y découvrir un microbiome propre à eux, riche en protéine et en gras animaux et faible en fibres.

Qu'est-ce que le microbiome?

Il s’agit de l’ensemble des bactéries qui vivent sur notre corps. Catherine Girard explique en quoi le microbiome intestinal, en particulier, était intéressant pour ses recherches.

Après quelques annonces à la radio locale, la pose d’affiches dans des endroits fréquentés et du porte-à-porte avec son assistante-traductrice, elle réussit à recruter 19 donneurs de selles pour son projet scientifique et à gagner le surnom de « dame caca ».

19 échantillons, un nombre assez représentatif pour une population adulte d’à peine 150 personnes précise la doctorante, car il faut aussi prendre en compte les facteurs d’exclusions, dont la prise d’antibiotiques.

Une fois le séquençage de l’ADN microbien des bactéries dans les selles fait au laboratoire du département de sciences biologique de l’Université de Montréal, sous la direction des professeurs Jesse Shapiro et Marc Amyot, quelle ne fut pas la surprise de Catherine!

Ce qu’on a trouvé, étonnamment, c’est que le microbiome des Inuits ressemble pas mal à celui de Montréalais, dont on avait aussi recueilli des échantillons pour en faire la comparaison.

Catherine Girard, étudiante au doctorat en biologie environnementale à l’Université de Montréal.

Un étonnement d’autant plus grand que chez d’autres peuples traditionnels, la différence était très importante comparativement aux autres populations.

On est ce que l’on mange

Mais, en analysant les espèces bactériennes individuellement, quelques différences significatives associées à la diète ont été observées. « Une surreprésentation de bactéries associées à la viande a été retrouvée à Resolute, souligne Catherine, on a aussi trouvé des bactéries spécifiques à cette communauté, que l’on ne retrouve pas à Montréal et dont on ne connait pas encore la fonction. »

Sans surprise, la chercheuse a constaté un moins grand nombre de bactéries associées à l’ingestion de fibres chez les Inuits, l’insécurité alimentaire et l’approvisionnement en fruits et légumes étant un grand problème au Nunavut.

Entre l’achat de produits transformés au supermarché pour les uns et une alimentation très traditionnelle pour d’autres, force est de constater qu’à grande échelle le microbiome des 19 Inuits et des 26 Montréalais étudiés était similaire, mais comportait de petites différences rappelant que l’on est ce que l’on mange.

Chez les Montréalais, davantage de bactéries associées à la consommation de produits laitiers et d’agrumes ont ainsi été observées.

La diète traditionnelle comme la diète de plusieurs populations partout dans le monde est en transition. Depuis plusieurs décennies on se dirige vers une diète plus occidentalisée.

Catherine Girard, étudiante au doctorat en biologie environnementale à l’Université de Montréal

Et cette transition de la diète, d’un style moins traditionnel à plus occidental, a un rôle à jouer dans la ressemblance du microbiome.

Alimentation et santé
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Ombles chevaliers et crochet de pêche près de la baie de Resolute, au Nunavut (Geneviève Dubois)

Catherine Girard poursuit ses recherches dans le Nord. À partir des échantillons de selles déjà séquencés, elle effectuera maintenant des analyses plus approfondies qui lui permettront de comprendre comment le microbiome des Inuits peut interagir avec le mercure ingéré.

Présente dans le poisson, cette neurotoxine est un grand problème de santé publique dans le Nord. Sa recherche pourrait permettre de comprendre comment le mercure se comporte une fois en contact avec les bactéries qui vivent dans l’intestin.

Les recherches de Catherine Girard sur le microbiome des Inuits ont été publiées dans la revue mSphere de l’American Society for Microbiology.

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Espaces autochtones, Radio-Canada

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