Le phoque de Sibérie vient-il de l’Arctique?

Des biologistes de l’Université de Saint-Pétersbourg ont décrit pour la première fois le génome du phoque de Sibérie, le seul mammifère qui habite le lac Baïkal dans l’est de la Russie. Ils espèrent ainsi identifier l’origine précise de l’espèce.

Selon une théorie encore débattue par les experts, le phoque a migré des côtes de l’océan Arctique vers le sud en suivant les rivières il y a environ trois millions d’années. Il s’est ainsi retrouvé dans le lac Baïkal, qui s’est ensuite séparé des réservoirs salés.

Rappelons que le phoque de Sibérie – aussi appelé phoque du Baïkal, nerpa ou chat de mer – est l’une des trois espèces de phoques vivant en eau douce. C’est d’ailleurs le seul mammifère qui habite le lac Baïkal, le lac le plus profond de la planète.

À la fin du 19e siècle, le nombre de phoques a été fortement réduit (jusqu’à 100 000 animaux) en raison d’une épidémie. Mais ces dernières années, la population s’est progressivement rétablie.

Selon les scientifiques, le séquençage du génome de cet animal assurera à l’avenir une augmentation progressive de la population, car les gènes stockent toutes les informations relatives à l’histoire des espèces et des individus. « Cette approche permettra de prendre en compte les conditions dans lesquelles les animaux survivent le mieux », note l’étude des scientifiques publiée dans la revue Genes.

Un séquençage ardu

Les chercheurs racontent que cette idée a émergé il y a plus de 10 ans dans le cadre d’une initiative internationale dont l’objectif est de séquencer les génomes de 100 000 organismes vivants, dont le phoque de Sibérie.

« Le projet a toutefois été retardé en raison du manque de ressources et de la complexité de l’ADN du phoque de Sibérie. La première version développée par les scientifiques s’est avérée n’être qu’un ensemble de fragments séparés, extrêmement difficiles à agencer en raison des nombreuses sections répétitives », explique Alla Lapidus, professeure à l’Université de Saint-Pétersbourg.

Elle ajoute que le problème a été résolu grâce à la nouvelle méthode dite Hi-C. Les scientifiques de l’université de Saint-Pétersbourg ont ainsi pu atteindre leur objectif et séquencer le génome du phoque du Baïkal.

« La méthode Hi-C permet d’identifier les séquences d’ADN qui sont physiquement proches les unes des autres dans une cellule. Grâce à cette information, nous pouvons organiser les fragments dont nous disposons en les assemblant en chromosomes complets », souligne Mikhail Rayko, chercheur associé au Centre de biotechnologie algorithmique de l’Université de Saint-Pétersbourg.

Grâce au séquençage du génome du phoque du Baïkal, les experts ont pu comprendre son origine et ses relations, ainsi que la diversité génétique de la population. « Il s’agit d’une caractéristique essentielle pour les espèces dont la conservation est préoccupante et dont fait partie le phoque de Sibérie », assure M. Rayko.

Pour le chercheur, l’absence de variabilité, c’est-à-dire de diversité génétique, peut menacer l’existence même des espèces. « L’étude permettra aux scientifiques de comparer le génome du phoque de Sibérie avec celui d’autres représentants de la faune nordique et d’autres espèces de phoques vivant en eau douce, et de déterminer à quel moment les populations se sont séparées », conclut-il.